En el volumen 2, el protagonista Conan Edogawa sigue resolviendo casos mientras intenta encontrar a la organización criminal que lo transformó de adolescente a niño.
Conan en realidad es el detective Shinichi Kudo, quien fue envenenado por una misteriosa organización. El veneno no lo mató, pero lo hizo volver al cuerpo de un niño, por lo que adopta el nombre de Conan y vive con Ran Mouri y su padre, el detective Kogoro Mouri.
En este volumen aparecen varios casos nuevos que Conan resuelve usando su inteligencia, mientras hace creer que las deducciones son de Kogoro.