El jugador comanda un equipo de hasta seis soldados de élite en el lado del Eje o Aliado , llevando a cabo una variedad de misiones. Una vez que el jugador comienza una campaña, puede seleccionar un personaje prefabricado o crear uno propio para guiar al equipo a través del juego. Una vez que se completa la misión introductoria, el jugador puede acceder a una base completa con una estación médica, un arsenal, personal y un hangar panzerklein. A partir de este punto, el jugador puede seleccionar un equipo de seis personajes de un grupo de 20. Cada personaje tiene un rol como médico, francotirador, explorador, granadero, soldado o ingeniero. Cada función tiene diferentes ventajas y responsabilidades en la batalla. A medida que el jugador avanza en el juego, el arsenal recibirá nuevas armas para que el jugador las use, ya sea que se las roben a los enemigos o que sean aportadas por sus propias fuerzas.
Silent Storm representa con gran detalle una gran variedad de armas y equipos auténticos de alrededor de 1943. Mezclado en elementos que de otro modo serían realistas es una trama que presenta proyectos de armas secretas que recuerdan a los espías , incluidas las armas de energía. Los más notables son los Panzerkleins (pseudoalemanes para "pequeños tanques"), trajes de armadura de crudo.
El juego presenta un modelo de física notablemente avanzado