En 'Atolón', Carlos Thomas entrelaza dos historias de marinos españoles que, en diferentes épocas y por distintas razones, visitan un pequeño atolón en las islas Kiribati. La primera historia sigue al Capitán Uribe, único superviviente de un barco mercante hundido por un submarino japonés, quien debe sobrevivir como náufrago y se ve envuelto en la vorágine bélica de la Segunda Guerra Mundial. La segunda historia presenta a un joven capitán español que decide disfrutar de unas vacaciones pescando en el mismo atolón, donde se vincula con los descendientes de Uribe y se interesa por su vida y las razones por las que los habitantes de Kiribati le veneran.