En Stargate Atlantis: Casualties of War, el teniente coronel John Sheppard presenta su renuncia tras una misión en la que se perdieron dos miembros de su equipo. Mientras tanto, Elizabeth Weir negocia con dos tribus en guerra que tienen rastros del gen Ancient ATA. La trama se complica a medida que las decisiones y habilidades de liderazgo de Weir y Sheppard son puestas a prueba, llevando a la Atlantis a enfrentarse a las consecuencias de la guerra y a la carga del mando.