En Tom Clancy's Splinter Cell Double Agent, juegas como el agente encubierto Sam Fisher, quien debe infiltrarse en un grupo terrorista para destruirlo desde dentro. Deberás sopesar cuidadosamente las consecuencias de tus acciones, ya que matar a demasiados terroristas podría revelar tu tapadera, mientras que dudar podría costar millones de vidas. El juego te lleva a un mundo de espionaje internacional, desde Shanghái y Cozumel hasta Nueva York y Los Ángeles, donde deberás usar tácticas realistas basadas en testimonios de agentes encubiertos para sabotear los planes del enemigo. Tus decisiones afectarán la historia y el juego, llevándote a finales sorprendentemente diferentes.